南京市江宁医院，又名南京医科大学附属江宁医院。前身是1935年由国民县政府筹划建成的江宁县卫生院，开设病床50张。 1937年12月，日军侵占江宁，县卫生院的医疗设施被日军抢掠摧毁，房屋也被夷为平地。1946年，国民县政府重建县卫生院。

1949年4月28日，江宁县人民政府成立，5月，县政府接管县卫生院，将原有医务人员和医疗设备略事整顿，于5月5日开始门诊， 并改称江宁县人民医院。

1950年1月，江宁县改属苏南行政公署，7月，按照苏南行政公署秘字525号训令江宁县人民医院改称江宁县人民政府卫生院。

1956年6月，医院更名为江宁县人民医院，全年门诊量37108人次。1983年，全院所有科室陆续搬迁到小里村新址。医院占地面积21600平方米，总建筑面积16509平方米，开设床位280张。1992年，医院通过二级医院达标验收，1994年，省卫生厅批准我院为“二级甲等医院”。2000年，医院共开放床位320张，开设10个病区。

2001年，江宁撤县设区，医院更名为江宁区人民医院。

2002年12月，医院更名为南京市江宁医院。2003年11月，十五层现代化的医疗综合大楼落成启用，床位增至560张。2005年10月，占地面积6667平方米的新建开发区分院竣工投入使用。2007年12月，十五层门诊内科综合大楼落成，床位增至800张，病区增至21个。

2009年6月20日，医院挂牌南京医科大学附属江宁医院。

2012年12月，医院成功创建成为三级医院。2014年4月，医院湖山路院区正式开工建设。 2017年1月,医院成功创建三级甲等综合医院，跃上了崭新的发展平台。2018年10月湖山路院区开始试运行。 2018年，医院年门急诊工作量164万人次以上，年收治住院病人4.9万人次以上，年手术量2.4万人次以上。

2019年7月，医院湖山路院区全面启用，形成了“一院两区”的医疗新格局，开启了医院建设发展的崭新征程。